São duas palavrinhas que por diversas vezes são trocadas e usadas como sinônimos, mas elas têm significados diferentes
Isento
A isenção sempre deve ser decorrida através de Lei, trata-se de uma exceção mesmo havendo o fato gerador de determinado tributo. É importante destacar que mesmo havendo a isenção não significa que nunca mais haverá tributação e recolhimento de tributos, pois a Lei poderá fazer alterações nesse sentido. Então vale a pena ficar de olho para não correr o risco de estar fazendo apurações incorretas por falta de atualização.
Outro ponto importante, é o fato de que ser isento não dispensa o cumprimento de obrigações acessórias. Exemplo: Venda de produto isento exige emissão de Nota Fiscal e , consequentemente, exige envio das demais obrigações como Sped Fiscal e Sped Contribuições. O simples motivo de não ter débito a pagar não extingue o envio das declarações.
Imune
A imunidade é trazida no artigo 150 da Constituição Federal, que limita o poder de tributar dos entes, são objetos que não se pode tributar, como pessoas, patrimônio ou bens fora do campo de incidência.
Parece ser um pouco confuso e até difícil de explicar, mas para que você entenda melhor lembre dos templos religiosos, são exemplos de imunidade e não há tributações sobre ofertas e dízimos. O que está imune é o templo e não o fato de receber doações.